第六阶段  1999——2009

优良传统和时代精神相结合，锐意改革与规范管理相同步，二中迎来了快速发展的十年。学校围绕“为学生的健康人生尽责”的办学理念，深入贯彻“以德立校、以智化人”的办学方针，营造良好的校园“德性生活”成长环境。2001年和2006年，分别制定了南通市第二中学“十五”和“十一五”发展规划，提出了“把学校建成一所师生高素质、教学高质量、文化高品位、硬件高标准，具有鲜明特色和较高社会声誉的省三星级高中”的学校发展总体目标。

十年来，二中人正依照着这两个规划一步一个脚印奋勇前行。十年中，学校完成了学校公寓楼、图书馆的兴建，完成了学校电话网络工程建设和实验室、电脑室的全面技术改造和升级，完成了学校新操场、新校门建设，学校中心道路的扩建、退翁亭搬迁、文化墙和校史馆建设以及校园绿化等工程。整个校园做到了美化、香化、绿化、知识化，有浓郁的育人氛围，洋溢和人与自然的和谐气息。十年中，学校教育教学工作硕果累累。中考成绩始终稳定在市区前列，在港闸区遥遥领先。高考升学率一直保持在93%以上。学生参加各级各类竞赛，有26人次获全国一、二等奖，71人次获省级一、二等奖，168人次获市级奖项。同时，在“重体擅艺”优良传统的影响下，学校的校园活动丰富，社团成绩斐然。截止09年8月，学校元旦师生联欢会已经连续举办了23届，六一篝火晚会13届，一二.九素质教育展示周活动13届，中秋赏月晚会11届，女子军乐队也已经组建了7届。运动健儿在市直中学田径运动会和省中学生足球赛中屡创佳绩，风筝队自组建之日起就在省市级风筝比赛中屡次获奖。

90年栉风沐雨，二中前进的脚步从未停歇。近十年学校获得：江苏省文明单位、江苏省德育先进学校、江苏省绿色学校、江苏省教育科技系统模范职工之家、南通市教育系统先进集体、南通市五好基层党组织、南通市最安全学校、南通市关心下一代先进集体、南通市青少年行为规范示范学校等十多项荣誉称号。